Celem i misją Zakładu jest prowadzenie szeroko pojętej działalności naukowo-badawczej z zakresu oceanografii operacyjnej na morzu oraz w strefie przybrzeżnej, jak też wykonywanie różnorodnych prac zarówno dla administracji morskiej RP i różnych podmiotów gospodarczych prowadzących działalność na morzu. Oceanografia operacyjna jest stosunkowo młodą, ale dynamicznie rozwijającą się dziedziną nauk o morzu polegającą na wykonywaniu kompleksowych pomiarów środowiska morza i przywodnej warstwy atmosfery (pomiary meteorologiczne, oceanograficzne, geologiczne, geofizyczne, biologiczne i in.), ich interpretacji oraz rozpowszechniania w czasie rzeczywistym ich wyników w celu :

• dostarczania bieżącej informacji prognostycznej z możliwie długim wyprzedzeniem czasowym, pozwalającej ocenić spodziewane warunki, jakie panować będą w określonym akwenie morza,
• dostarczenia możliwie wiernego opisu rzeczywistego stanu morza włącznie z jego zasobami żywymi,
• zbierania długookresowych szeregów czasowych danych oceanograficznych dla oceny trendów możliwych zmian klimatycznych.