Krajowe placówki naukowe:

• Państwowy Instytut Geologiczny
• Instytut Oceanologii PAN
• Uniwersytet Gdański
• Biuro Hydrograficzne Marynarki Wojennej
• Akademia Marynarki Wojennej
• Politechnika Gdańska
• Morski Instytut Rybacki w Gdyni
• Akademia Marynarki Wojennej w Gdyni
• Uniwersytet Szczeciński
• Instytut Meteorologii i Gospodarki Wodnej w Gdyni
• Centralne Muzeum Morskie
• Stacja Ornitologiczną PAN

Zagraniczne placówki naukowe:

• Swedish Meteorological and Hydrological Institute (SE)
• Danish Maritime Safety Administration (DK)
• Admiral Danish Fleet HQ (DK)
• Bundesamt für Seeschifffahrt und Hydrographie (DE)
• Klaipeda University (LT)
• Atlantic Branch of the Russian Academy of Science (RU)

Administracja rządowa, samorządowa i morska:

• Ministerstwo Infrastruktury
• Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
• Ministerstwo Środowiska
• Urząd Morski w Gdyni
• Urząd Morski w Słupsku
• Urząd Morski w Szczecinie
• Urząd Marszałkowski Województwa Pomorskiego
• Urząd Marszałkowski Województwa Zachodnio-Pomorskiego
• Agencja Rozwoju Pomorza S.A.

Służby związane z zapewnieniem bezpieczeństwa na morzu:

• Marynarka Wojenna,
• Polskie Ratownictwo Okrętowe S.A.
• Morska Służba Poszukiwania i Ratownictwa SAR.

Krajowe przedsiębiorstwa, działające na rynkach sektora morskiego, energetycznego i telekomunikacyjnego, z którymi Instytut Morski współpracował w niedalekiej przeszłości (w szczególności firmy prowadzące eksplorację dna morskiego oraz firmy projektowe, konsultingowe, hydrotechniczne i budowlane):

• Zarząd Morskiego Portu Gdynia S.A.
• Zarząd Morskiego Portu Gdańsk S.A.
• Zarząd Morskich Portów Szczecin – Świnoujście S.A.
• Przedsiębiorstwo Badań i Doradztwa Sp. z o.o. GEOMOR
• Przedsiębiorstwo Doradztwa Technicznego GEOMOR–TECHNIK sp. z o.o.
• SeaBed Polska Sp. z o.o.
• Biuro Projektów WUPROHYD Sp. z o.o.
• MEGA S.A.
• GEO-KAT Sp. z o.o.
• GOKART International Sp. z o.o.
• Geofizyka Toruń Sp. z o.o.
• Bałtycka Agencja Poszanowania Energii S.A.
• Polska Grupa Energetyczna S.A
• GENERPOL Sp. z o.o.
• Koncern Energetyczny Energa S.A.
• Wiatropol International Sp. z o.o.
• Energoprojekt Warszawa Sp z o.o.
• SwePol Link Ltd
• EVELPOL Sp. z o.o.
• PERTOBALTIC S.A.
• PRCIP Sp. z o.o.
• Morska Agencja Gdynia LTD
• MOEBIUS – Bau Polska Sp. z o.o.
• UNIGEO Badania Geotechniczne Oktawa Tomasz
• Hydrobudowa S.A.
• NAVIMOR – INVEST Sp. z o.o.
• BUDMORS Consulting sp. z o.o.
• Przedsiębiorstwo Robót Podwodnych i Hydrotechnicznych „MARINEX” Sp. z o.o.
• Pracownia Projektowa Budownictwa Hydrotechnicznego AQUAPROJEKT Sp. z o.o
• PROJMORS Biuro Projektów Budownictwa Morskiego Sp. z o.o.
• ELEKTROCIEPŁOWNIE WYBRZEŻE S.A.
• Geoprojekt Gdańsk Sp. z o.o.
• Hydroprojekt Sp. z o.o.
• GEOBAD – Zakład Badań Geologicznych i Robót Inżynierskich
• Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji Sp. z o.o. w Gdyni

Europejskie firmy geofizyczne i hydrograficzne:

• Fugro Consult Gmbh,
• MC Construction,
• EVELOP Netherlands B.V.,
• BEC Energie Consult Gmbh,
• Research Shipping Gmbh,
• Marine Matteknik A.B.,